Microbiote & Immunité

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Microbiote & Immunité

Nous allons dorénavant vivre avec le Covid comme avec d’autres maladies ORL, (grippe, rhinopharyngite pneumonie etc…) que l’on se fasse vacciner ou que l’on mise sur son immunité naturelle, toutes les études actuelles montrent que la nutrition et l’équilibre de notre microbiote seront un des facteurs essentielles à une réponse efficace du système immunitaire.

L’adage des médecines asiatiques qui dit que toutes maladies naît dans le système digestif serait à prendre en compte dans la situation présente.

Que ce soit pour la réponse immunitaire au vaccin pour les personnes vaccinées ou la réponse immunitaire pour les personnes atteinte du covid la micronutrition et le microbiote sont concernés.

A) Concernant la vaccination :

Au niveau micronutrition

 pour avoir une réponse adéquate à la vaccination et qu’elle soit efficace il faut que nous produisions suffisamment d’anticorps via les lymphocytes. Un lymphocyte bien nourri produit beaucoup d’anticorps et effectue son travail efficacement. Alors que s’il est dénutri, il va rapidement péricliter. Plus ces anticorps sont nombreux et de qualité, plus la vaccination sera efficace. La longévité des lymphocytes est directement liée au statut nutritionnel. Par ailleurs, un mauvais fonctionnement des lymphocytes constitue un risque d’auto-immunité, phénomène souvent rencontré dans les accidents vaccinaux.

En se vaccinant on crée une immunité adaptative, dans ce cas le zinc est nécessaire à l’amplification clonale (réplication des lymphocytes) et la vitamine D à la production des cellules T-Reg, casques bleus de l’immunité. Des carences dans ces nutriments empêchera une réponse efficace.

Au niveau microbiote

La relation entre microbiote et réponse vaccinale a été vérifié dans plusieurs études récentes. Lors d’une vaccination, le microbiote agirait à la fois comme modulateur immunologique et comme adjuvant naturel. (1) Les liens entre microbiote et système immunitaire sont d’une importance capitale, surtout chez le nourrisson, lorsque la majorité des vaccins sont administrés.  Des études sur les animaux, ont montré une mauvaise réponse en termes de quantité d’anticorps, à cinq vaccins courants. En bref : il y a eu moins d’anticorps produits, mais beaucoup de cytokines pro-inflammatoires. (2). D’où l’importance de ne pas vacciner un enfant malade ; qui en plus a reçu des antibiotiques. 

La réponse individuelle aux vaccins est particulièrement sensible à la composition et la richesse du microbiote, c’est-à-dire la diversité des familles bactériennes présentes, leur nombre et leur répartition. Chez les personnes âgées, les altérations du microbiote sont corrélées au déclin de la santé. On retrouve un microbiote appauvri, avec notamment moins de bifidobactéries et davantage d’entérobactéries, moins d’acides gras à chaîne courte (monnaie d’échange entre bactéries symbiotiques et cellules intestinales), davantage d’interleukine-6 et de TNFα, qui sont les principales cytokines pro-inflammatoires. (3)

Une méta-analyse compilant 26 études, totalisant 3 812 participants et concernant 40 souches de probiotiques, conclue à une amélioration de la réponse au vaccin antigrippe chez les personnes âgées, habituellement mauvais répondeurs. 

Selon les chercheurs « les probiotiques offrent une intervention bon marché pour améliorer l’efficacité du vaccin et la durée de protection ».(3b)

B) Si on compte sur son immunité naturelle pour résister aux maladies, encore faut-il qu’elle soit prête à combattre le microbe

Au niveau Micronutrition

Au niveau micronutrition

Le zinc participe au renouvellement des entérocytes (cellules de l'intestin), qui permet de faire barrière aux virus ; mais il intervient aussi dans la régulation de l’inflammation, et lors de la réponse antivirale et antibactérienne. C’est pourquoi il est important de se complémenter en Zinc, plus de la moitié de la population française actuellement connait des carences en Zinc, élément qui doit être apporté par l’alimentation. Le zinc participe à la production de mucus qui permettrait de prévenir les lésions pulmonaires. (4) Par ailleurs, le zinc est nécessaire au transport de la vitamine A, elle-même nécessaire à la biodisponibilité de la vitamine D. En effet, les récepteurs cellulaires à la vitamine D ont besoin de vitamine A pour être exprimés. (4b)

La vitamine D participe à la production des peptides antimicrobiens ; elle régule la production d’interleukines pro-inflammatoires et l’activité des macrophages, afin que le système ne s’affole pas, elle régule les antioxydants, par la production de radicaux libres.

La vit D joue un rôle incontournable dans le système immunitaire. Nous savons à présent qu’un taux insuffisant est associé à un risque significativement plus élevé de dépistage positif au Covid. (5) Une méta-analyse incluant 27 études montre qu’un taux bas de vitamine D accroît le risque d’hospitalisation et de mortalité. (6) Les chercheurs ont observé une relation entre la carence en vitamine D et les formes graves de la maladie. Une autre méta-analyse, totalisant 11 321 participants et couvrant toutes les tranches d’âge, il ressort qu’une supplémentation quotidienne ou hebdomadaire en vitamine D réduit le risque d’infection aiguë des voies respiratoires pour l’ensemble des participants. (7)

La phycocyanine qui empêche la réplication du virus :  Une étude récente parue dans International Journal of Pharmaceutical Sciences and Research explique comment la phycocyanine pourrait agir sur le mécanisme de réplication du covid-19. Le covid-19, virus à ARN, se réplique dans les cellules hôtes par l’intermédiaire d’un complexe moléculaire formé de trois protéines : nsp7, nsp8 et nsp12. Cette dernière protéine, ARN polymérases ARN dépendantes (RdRp), est cruciale car c’est elle qui initie le mécanisme de réplication du virus. Pour s’activer, elle a cependant besoin qu’une molécule d’ATP se fixe sur son site actif (ATP dépendance). Plusieurs liaisons se produiraient entre la phycocyanine et nsp12, lesquelles empêcheraient la fixation de l’ATP sur son site actif. Il semblerait que ce soit la phycocyanine elle-même qui viendrait se fixer spontanément, sans consommer d’énergie, en lieu et place de l’ATP. Privé d’énergie, le système de réplication du virus serait inhibé et la propagation du virus au sein des cellules hôte altérée. (8)

Les oméga-3 quant à eux ils sont importants afin de limiter l’intensité de la réponse inflammatoire. Les acides gras oméga-3 sont connus pour leur caractère anti-inflammatoire, notamment comme précurseurs des prostaglandines qui encadrent l’inflammation. Généralement utilisés pour équilibrer le terrain biologique en prévention des affections hivernales, des chercheurs envisagent cette fois-ci de les utiliser pendant la phase aigüe de la maladie, en plein choc inflammatoire afin de limiter l’intensité et la durée de celui-ci. (9) Le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) est principalement associé à une surproduction incontrôlée de cytokines inflammatoires, la supplémentation en oméga3 pourrait stopper cet orage. les apports alimentaires en oméga-3 dans les pays occidentaux restent très insuffisants, le ratio entre oméga 3 /oméga6 qui devrait être de 1/1 est toujours ¼.  Il est intéressant d’augmenter ces apports en consommant des produits de la mer pour prévenir les maladies infectieuses, comme le Covid.

Au niveau Microbiote

Si le système respiratoire est la première cible du covid, d’autres organes sont également impactés. C’est en particulier le cas de l’intestin avec des symptômes gastro-intestinaux fréquents. Le SARS-CoV-2 infecte les cellules en se liant notamment à un récepteur (ACE2), que l’on retrouve au niveau du tissu pulmonaire, du cœur, du foie et de l’intestin. Ainsi, le système digestif pourrait bien être une autre porte d’entrée du virus. La présence du SARS-CoV-2 a en effet été signalée dans les échantillons de selles de personnes infectées par le virus : environ 50 % des personnes infectées rejettent le virus par les selles trois ou quatre jours avant même les premiers signes cliniques. Cette donnée a d’ailleurs très précocement été utilisée avec succès dans de nombreuses grandes villes pour traquer l’évolution de la pandémie par l’analyse des eaux usées. (10) Dans l’intestin, l’infection déclenche une réaction inflammatoire, mise en évidence par la présence d’un marqueur à des taux élevés. Fièvre, toux, fatigue et dyspnée sont les symptômes les plus courants de la Covid-19, mais les symptômes intestinaux (vomissements, nausée, diarrhée) sont présents chez environ 18% des patients. Les chercheurs ont par ailleurs remarqué que les symptômes intestinaux semblent plus fréquents dans les formes sévères de la Covid 19. (11)

Et ce n’est pas tout ; on note une modification du microbiote lors de l’infection de la Covid19. Les Lactobacillus et Bifidobacterium, bactéries bénéfiques semblent être peu présentes particulièrement chez les Covid long ou les tests PCR se révèlent négatifs mais où les patients continuent de souffrir de nombreux symptômes.  C’est la piste inflammatoire qui a été étudié au vu de ce que l’on sait déjà sur le microbiote. (12)

En effet le microbiote est impacté dans de nombreuses maladie inflammatoires (comme le syndrome métabolique, maladie de Crohn, Rectocolite Hémorragique, où les bactéries pro-inflammatoires se développent de façon anormales au détriments des bactéries anti-inflammatoires qui diminuent. Cela va engendré une dérégulation du système immunitaire avec une concentration accrue des cytokines chimiokine et TNF &.

Il est alors logique de penser qu’une modification du microbiote va être corrélé à des troubles graves du patient (bien qu’on ne sache pas comment la covid19 impacte l’intestin).  Une équipe chinoise est en train d’évaluer actuellement la transplantation fécal dans les formes graves, c’est peut être une solution rapide et extrêmement efficace pour les formes graves ou les formes longues. (13)

Quoi qu’il en soit, un microbiote équilibré favorise la bonne santé de notre système immunitaire et permet de lutter plus efficacement contre les attaques virales. Il est donc logique de penser qu’un microbiote intestinal sain pourrait aider à prévenir les réactions immunitaires pro-inflammatoires dans les poumons et autres organes vitaux infectés par la COVID-19. Le mieux est ainsi de prendre soin de sa santé intestinale avec des apports alimentaires riches et variés en fruits, légumes, fibres, céréales et noix.

Revenons au poumon et à son microbiote 

Plusieurs études ont mis en évidence le rôle des colonies microbiennes et fongiques pulmonaires dans le développement d’infections respiratoires et d’allergies. La recherche a découvert l’existence d’un microbiote intestin-poumon, qui a une influence importante sur les maladies ORL. 

Ce microbiote intestin-poumon dont les souches sont souvent communes, est en particulier, impliqué dans l’évolution de maladies respiratoires comme la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), l’asthme et la fibrose kystique. Cette dernière s’exprime d’ailleurs souvent sur les deux terrains, digestif et pulmonaire. Les études révèlent que les microbiotes pulmonaire et intestinal des sujets sains sont très différents des sujets atteints de ces pathologies. Il semble que c’est le système immunitaire associé aux muqueuses qui soit le vecteur de communication, notamment via les ganglions lymphatiques mésentériques (c’est-à-dire qui irriguent et drainent les viscères).

En 2014, des travaux démontraient que la prise de probiotiques, Lactobacillus Brevis réduit l’incidence de l’infection grippale chez les enfants d’âge scolaire. (3) Une souche déjà connue pour son activité anti-inflammatoire et immunomodulatrice, aussi bien en prévention qu’au cours d’une infection. (4) D’autre part le séquençage du microbiote des personnes décédées du Covid a montré une diminution significative des bactéries lactobacilles et bifidobactéries indispensables au système immunitaire. 

Différents mécanismes révèlent que les populations bactériennes que nous hébergeons sont régulées par des virus. Mais réciproquement, des infections virales peuvent être stoppées ou stimulées en fonction des bactéries présentes. Certaines infections sont capables de bouleverser durablement la relation entre bactéries et virus. Ce qui peut déboucher sur un cercle vicieux, une dysbiose bactérienne accentuant la gravité des infections virales. (5)

Les preuves s’accumulent sur l’interaction entre les différents microbiotes. La découverte du dialogue entre microbiote intestinal et microbiote pulmonaire est récente. Une inflammation dans le poumon peut induire, via la circulation dans le sang de métabolites microbiens, des changements dans l’intestin. Et réciproquement. (7)

Plusieurs travaux montrent qu’une souche courante telle que L. Rhamnosus GG renforce les barrières intestinale et pulmonaire, réduit l’inflammation induite par les lipopolysaccharides bactériens, stimule les lymphocytes T-Reg (les casques bleus de l’immunité) et diminue les cytokines pro-inflammatoires, y compris dans les infections respiratoires. Certaines souches probiotiques sont connues depuis plusieurs années pour intervenir dans la régulation de la réponse immunitaire, notamment sur l’équilibre entre cytokines pro-inflammatoires et anti-inflammatoires. Un équilibre aussi fragile qu’important, puisqu’il s’agit là du point de bascule entre une évolution favorable ou défavorable du Covid. Un autre effet important exercé par les probiotiques est le maintien de l’intégrité de la muqueuse intestinale, voie d’entrée courante du SRAS-COV-2 qui se trouve ainsi réduite. (14) L’implication de l’écosystème intestinal avait déjà été évoquée pour expliquer la variation de la charge virale d’un test à l’autre chez la même personne.

L’importance du microbiote pulmonaire est telle qu’un spray nasal est une possibilité sérieusement envisagée, en complément des probiotiques par voie orale. On trouve encore des lactobacilles symbiotiques dans les voies respiratoires supérieures. Certaines souches y sont présentes en plus grande quantité chez les personnes en bonne santé, par rapport aux personnes sujettes aux rhinopharyngites à répétition.

Des recherches plus poussées sur des personnes en bonne santé ont permis d’isoler des souches capables de bloquer la croissance et la virulence de plusieurs agents pathogènes. « Nos travaux sur d’autres virus montrent que certains lactobacilles peuvent bloquer l’attachement des particules virales aux cellules humaines » déclare le Pr. Sarah Lebeer, chercheuse en sciences biomédicales à l’université d’Antwerp en Belgique. (9) Des souches spécifiques de lactobacilles dans le nasopharynx et l’oropharynx pourraient aider à améliorer les défenses contre le virus inhalé. D’une part en améliorant la fonction barrière des muqueuses respiratoires, d’autre part via une action anti-inflammatoire, ce qui réduit le risque d’infections bactériennes secondaires au Covid-19

Pour conclure voici des pistes concrètes pour renforcer son système immunitaire. Se constituer une bonne flore intestinale avec des aliments adaptés, et se complémenter avec les bons probiotiques.

La diète méditerranéenne, ou assimilée reste la façon la plus appropriée de se nourrir.   

- Les légumes bio crus ou cuit à chaleur douce : le brocoli, tous les choux, la courge, le fenouil, les champignons, la betterave, la patate douce, l’artichaut, les asperges, les pois mange-tout, les endives, les salades vertes, l’ail, l’échalote, les oignons…
- Les fruits : les avocats, les fruits rouges, les agrumes, les abricots, les pommes, les poires, les prunes.
- Les céréales complètes :  l’avoine, le sarrazin, millet.
- Les légumineuses : les lentilles, les pois cassés, les haricots blancs, rouges, noirs etc, fèves.
- Les oléagineux : les noix, les pistaches, noisettes, les graines de courge, de lin, les amandes, les noix de macadamia.
- Les huiles d’olive, de noix, de lin, de colza, de cameline. (crues)
- Les aromates et les épices :  le persil, la ciboulette, le thym, le romarin, la coriandre, le gingembre,  le poivre noir, la cannelle, le curcuma…
- Les fromages et les laitages de chèvre, de brebis et de bufflonne.
- Les petits poissons gras, sardines, maquereaux, hareng, anchois.
- Les œufs coque ou mollet
- Les viandes : en manger moins, mais de meilleure qualité plutôt de la viande blanche. Privilégier la viande d’animaux nourris à l’herbe et aux grains selon les besoins naturels de l’espèce.

Veillez en particulier à un apport suffisant en fibres, car elles sont le meilleur substrat (prébiotique) du microbiote. Conformez-vous a minima aux recommandations officielles : entre 30 et 50 g par jour.

Pensez aux aliments lactofermentés

Evitez le gluten, apport excessifs de produits laitiers notamment de vache, les métaux lourds et pesticides, la viande rouge, les gros poissons, (thon saumon etc…), le soja les aliments ultra transformés, les aliments à IG importants et réduisez votre part de glucides. veillez à une alimentation bio, 

Mais la vaccination ne doit pas occulter l’immunité naturelle, c’est-à-dire les capacités de notre organisme à se défendre. Un soutien micro nutritionnel, des probiotiques ciblés permettraient de développer un immunité collective. Il est choquant qu’en dehors de la vaccination on ne nous propose aucune piste pour renforcer notre terrain ou trouver des traitements précoces sans attendre d’arriver à l’emballement de formes graves.

Référence:

1) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6616116/
2) https://jlb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1189/jlb.5MR0617-216R
3) https://www.nature.com/articles/nature11319
3b) https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X17311672
4) https://www.spandidos-publications.com/10.3892/ijmm.2020.4575
4b) https://www.researchgate.net/publication/340630386_Proposal_for_a_vaccine_for_COVID-19_with_inhibited_virus_and_zinc
5) https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/article-abstract/2770157
6)https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/10408398.2020.1841090
7)https://www.bmj.com/content/356/bmj.i6583
http://www.francesoir.fr/societe-sante/la-carence-en-vitamine-d-un-facteur-determinant-dans-la-severite-de-la-covid
8) Raj TK, Ranjithkumar R, Kanthesh BM and Gopenath TS: C-phycocyanin of Spirulina plantesis inhibits NSP12 required for replication of SARS-COV-2: a novel finding in-silico. Int J Pharm Sci & Res 2020; 11(9): 4271-78. doi: 10.13040/IJPSR.0975-8232.11(9).4271-78.
National Library of Medicine : Spirulina, inhibitor of virus replication
09) https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908420302091
10) https://lejournal.cnrs.fr/articles/covid-19-pister-le-virus-dans-les-eaux-usees
 11)   https://francais.medscape.com/voirarticle/3606854
12)  https://francais.medscape.com/voirarticle/3606742
13)    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/pandemie-microbiote-symptomes-covid-19-sont-correles-85138/
14)  https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-16-infectes-coronavirus-ne-presentent-troubles-intestinaux-80989/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052046/
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/09637486.2020.1807475
 https://isappscience.org/how-some-probiotic-and-prebiotic-scientists-are-working-to-address-covid-19/